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[QUOTE="coolqc, post: 13548575, member: 52614"] On vient de publier un papier dans J Infect Disease, nous avons fait souvent le génotypage classique des bactéries par des techniques ciblant le chromosome ou des marqueurs typiques. C,est clair que la mode actuellement est de séquencer le génome au complet, et là il y aplusieirs méthode d'analyse des données. Si on a des souches (ou individus) = matériel, qui est très polymorphe, l'analyse des SNP donne bcp de différences, par contre dans une zone confinée ou peu de différence, l'analyse des SNP donne très peu de différence, c'est la question que se posent les chercheurs C'est quoi le Cutt off ? autrement dit on établi à combien de lnombre de SNP pour dire que deux bactérie sont différentes (5, 10, 20 SNP ?). mais le plus admis on se fie aux dendogrammes, une représentation des homologie des séquences sur tout le génome au complet (2 à 5 millions de nucléotides pour une bactérie, ) et on a un pourcentage d'identité. En conclusion sur un génome complet, l'analyse est bcp plus raffinée et précise. [/QUOTE]
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