Taxonomie = morphologie ?

Hibou57

Comme-même (tm)
VIB
Je regardais des arbres taxonomiques du règne végétale, et les critères pour descendre vers une branche, me semblent toujours morphologiques. Les arbres taxonomiques sont‑ils des arbres morphologiques ? Si oui, pourquoi ne sont‑ils pas appelés ainsi ?

Les gens qui connaissent, faites votre coming‑out, je ne sais pas qui taguer :desole:
 

Ebion

Ça a l'air que je suis l'esclave da partida
VIB
Je regardais des arbres taxonomiques du règne végétale, et les critères pour descendre vers une branche, me semblent toujours morphologiques. Les arbres taxonomiques sont‑ils des arbres morphologiques ? Si oui, pourquoi ne sont‑ils pas appelés ainsi ?

Les gens qui connaissent, faites votre coming‑out, je ne sais pas qui taguer :desole:

Bonjour, dans l'histoire de cette discipline, il y a eu un grand débat entre ceux qui disaient qu'il fallait classer les espèces selon leur apparence externe et interne, en utilisant aussi des mesures, et d'autre part ceux qui se basaient sur des comparaisons de séquences d'ADN pour évaluer la proximité de ces espèces entre elles.

De nos jours, je crois que le consensus s'est fait autour de la deuxième position.

Pour prendre un exemple classique, on pourrait penser, en se fiant aux apparences, que les chimpanzés sont plus proches des gorilles que des humains, mais du point de vue de l'ADN, les chimpanzés sont plus proches de nous que des gorilles!
 

Hibou57

Comme-même (tm)
VIB
@Ebion, pour la botanique, j’ai l’impression que le consensus est toujours à la première position, peut‑être pour des raisons d’applications pratiques alors.

La comparaisons des ADN, c’est la phylogénie, c’est bien ça ?
 

Ebion

Ça a l'air que je suis l'esclave da partida
VIB
@Hibou57

Pour ce qui est de la classification taxonomique des microorganismes, si une telle chose existe, je doute qu'on puisse se baser uniquement sur l'ADN, car ces microorganismes s'échangent souvent spontanément des bouts d'ADN entre eux, ce qui sans doute brouille les pistes.

Il y a aussi le problème de la classification des espèces disparues fossilisées, dont on n'a pas l'ADN.
 

Ebion

Ça a l'air que je suis l'esclave da partida
VIB
@Ebion, pour la botanique, j’ai l’impression que le consensus est toujours à la première position, peut‑être pour des raisons d’applications pratiques alors.

La comparaisons des ADN, c’est la phylogénie, c’est bien ça ?

Bonjour oui je crois, mais il faudrait vérifier auprès d'un vrai biologiste! ;)

Je crois qu'un arbre phylogénétique, c'est l'équivalent naturel d'un arbre généalogique!
 

Hibou57

Comme-même (tm)
VIB
@Hibou57

Pour ce qui est de la classification taxonomique des microorganismes, si une telle chose existe, je doute qu'on puisse se baser uniquement sur l'ADN, car ces microorganismes s'échangent souvent spontanément des bouts d'ADN entre eux, ce qui sans doute brouille les pistes.

Il y a aussi le problème de la classification des espèces disparues fossilisées, dont on n'a pas l'ADN.
Oui, et puis un caractère peut apparaitre spontanément dans plusieurs espèces. En dehors du végétale, il y a le cas des yeux.

J’étais en train de penser à une chose tout à l’heure. La taxonomie, si elle repose sur la morphologie, doit cacher d’autres critères aussi, parce que la morphologie pourrait aboutir à plusieurs taxonomies, et une seule est choisie à chaque fois.

Par exemple je parlais avec quelqu’un des Roquettes d’Orient, une variété sauvage de roquette, de la famille des crucifères. Je lui disais que ses feuilles ressemblent à de grande feuilles de pissenlit. D’ailleurs, avant de l’identifier d’après ses fleurs, j’avais pensé à une variété de chicoré sauvage. Et justement, pourquoi la taxonomie connait la famille des crucifères, et pas une famille fictive qui aurait comme critère, la forme des feuilles … cette décision d’avoir opté pour un critère morphologique plutôt qu’un autre, doit bien avoir une raison.

Il y a aussi la question d’autres caractères, qui se retrouvent étrangement dans beaucoup de plantes d’une même famille taxonomique, par exemple les lamiacées sont souvent odorantes, alors que le critère plante odorante ou pas, ne fait pas parti de la détermination de la famille, et pourtant la caractéristique se retrouve fréquemment dans la famille. Naïvement, j’aurais pensé que la philogénie serait plus appropriée pour déterminer des familles dans lesquelles ce genre de caractéristiques se retrouvent, et pourtant, … alors je me dis qu’il doit y avoir autre chose que la seule morphologie dans la taxonomie.


P.S.
[…]
Les gens qui connaissent, faites votre coming‑out, je ne sais pas qui taguer :desole:
Ébion, tu as fait ton coming‑out, ça fait quel effet ? :joueur:
 

Ebion

Ça a l'air que je suis l'esclave da partida
VIB
Bonjour @Hibou57 ! :joueur:

Il y a effectivement le problème de l'évolution convergente. Je connais pas trop les plantes, mais par exemple, la forme extérieur du requin ressemble beaucoup à celle du dauphin, même si les deux espèces sont très éloignées.

J'ai cru comprendre que les biologistes qui considéraient l'ADN regardaient surtout l'accumulation de mutations neutres dans les séquences afin de mesurer la distance relative entre espèces. Parce que sinon, certaines espèces se sont transformées plus vite que d'autre, en raison de pressions de sélection plus intenses et persistantes!
 

Ebion

Ça a l'air que je suis l'esclave da partida
VIB
@Hibou57

Quel coming-out? :joueur:

Je suis pas biologiste et je le serai jamais.

J'ai simplement lu quelques ouvrages et articles là-dessus destinés surtout au grand public (dernièrement j'ai relu "Le hasard et la nécessité" de Monod).
 

meli93

VIB
Je regardais des arbres taxonomiques du règne végétale, et les critères pour descendre vers une branche, me semblent toujours morphologiques. Les arbres taxonomiques sont‑ils des arbres morphologiques ? Si oui, pourquoi ne sont‑ils pas appelés ainsi ?

Les gens qui connaissent, faites votre coming‑out, je ne sais pas qui taguer :desole:

Déjà qqn pourrait il m'expliquer ce qu'est un arbre taxonomique je mourrais moins c*n
 

Hibou57

Comme-même (tm)
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Déjà qqn pourrait il m'expliquer ce qu'est un arbre taxonomique
Imagine un arbre à huit niveaux, chaque niveau correspond à des choses du plus vague au plus précis. Le plus vague est appelé règne, et les règnes sont par exemple règne des plantes, règne des animaux (il y a cinq règnes différents). Puis en partant du règne, tu va vers un ensemble plus réduit et plus précis. Le niveau juste en dessous du règne s’appel la division. Par exemple dans le règne des plantes, il y a plusieurs division une pour les plantes sans racines, une pour les plantes à fleur, etc (je ne donne pas les noms, ils sont casse‑tête). Puis il y a un niveau en dessous de la division, qui s’appel la classe, ainsi de suite, huit niveaux, mais il existe aussi une taxonomie avec plus de niveaux.

Pour situer une forme de vie, on désigne tous les niveaux, par exemple pour les carottes sauvages, tu peux voir ici, descend juste un peu dans la page : https://inpn.mnhn.fr/espece/cd_nom/94503/tab/taxo

Tu peux aussi voir ça, qui rappel les cours de biologie :p : http://www.plantesetvie.ch/medias/files/formation-botanique-2012-pples-familles.pdf

je mourrais moins c*n
Ne te presse pas
 
Dernière édition:

meli93

VIB
Imagine un arbre à huit niveaux, chaque niveau correspond à des choses du plus vague au plus précis. Le plus vague est appelé règne, et les règnes sont par exemple règne des plantes, règne des animaux (il y a cinq règnes différents). Puis en partant du règne, tu va vers un ensemble plus réduit et plus précis. Le niveau juste en dessous du règne s’appel la division. Par exemple dans le règne des plantes, il y a plusieurs division une pour les plantes sans racines, une pour les plantes à fleur, etc (je ne donne pas les noms, ils sont casse‑tête). Puis il y a un niveau en dessous de la division, qui s’appel la classe, ainsi de suite, huit niveaux, mais il existe aussi une taxonomie avec plus de niveaux.

Pour situer une forme de vie, on désigne tous les niveaux, par exemple pour les carottes sauvages, tu peux voir ici, descend juste un peu dans la page : https://inpn.mnhn.fr/espece/cd_nom/94503/tab/taxo

Tu peux aussi voir ça, qui rappel les cours de biologie :p : http://www.plantesetvie.ch/medias/files/formation-botanique-2012-pples-familles.pdf


Ne te presse pas

Merci de l'explication , mais euuhh comment te dire ... je n'ai toujours rien compris :confused:
 

Ebion

Ça a l'air que je suis l'esclave da partida
VIB
Merci de l'explication , mais euuhh comment te dire ... je n'ai toujours rien compris :confused:

C'est simplement un système de classement rationnel de toutes les espèces vivantes. On les regroupe par ensembles d'espèces qui sont apparentées, puis par sous-ensembles, puis par sous-sous-ensembles, etc... donc par exemple on va partir de l'ensemble très général appelé "animal", puis, en précisant toujours plus, on arrive aux espèces elles-mêmes, comme "être humain", "cheval", etc... :)

Voici une analogie :

On peut partir d'un ensemble qui inclut tous les humains.

Puis on précise par des sous-ensembles, par exemple "Canadien".

Ensuite on fait des sous-sous-ensembles encore plus précis, par exemple "Québécois"

Et on descend encore : "Montréalais"

Etc...

Ce que dit le hibou, c'est que chaque nouveau degré de précision dans le système de classement des espèces vivantes porte un nom précis. Tout comme dans mon exemple, on parlerait d'abord de "pays", puis de "province", puis de "ville", etc...
 

meli93

VIB
C'est simplement un système de classement rationnel de toutes les espèces vivantes. On les regroupe par ensembles d'espèces qui sont apparentées, puis par sous-ensembles, puis par sous-sous-ensembles, etc... donc par exemple on va partir de l'ensemble très général appelé "animal", puis, en précisant toujours plus, on arrive aux espèces elles-mêmes, comme "être humain", "cheval", etc... :)

Voici une analogie :

On peut partir d'un ensemble qui inclut tous les humains.

Puis on précise par des sous-ensembles, par exemple "Canadien".

Ensuite on fait des sous-sous-ensembles encore plus précis, par exemple "Québécois"

Et on descend encore : "Montréalais"

Etc...

Ce que dit le hibou, c'est que chaque nouveau degré de précision dans le système de classement des espèces vivantes porte un nom précis. Tout comme dans mon exemple, on parlerait d'abord de "pays", puis de "province", puis de "ville", etc...

D'accord la j'ai compris :D
C'est beaucoup mieux expliquer
 

Hibou57

Comme-même (tm)
VIB
C'est simplement un système de classement rationnel de toutes les espèces vivantes. On les regroupe par ensembles d'espèces qui sont apparentées, puis par sous-ensembles, puis par sous-sous-ensembles, etc... donc par exemple on va partir de l'ensemble très général appelé "animal", puis, en précisant toujours plus, on arrive aux espèces elles-mêmes, comme "être humain", "cheval", etc... :)

Voici une analogie :

On peut partir d'un ensemble qui inclut tous les humains.

Puis on précise par des sous-ensembles, par exemple "Canadien".

Ensuite on fait des sous-sous-ensembles encore plus précis, par exemple "Québécois"

Et on descend encore : "Montréalais"

Etc...

Ce que dit le hibou, c'est que chaque nouveau degré de précision dans le système de classement des espèces vivantes porte un nom précis. Tout comme dans mon exemple, on parlerait d'abord de "pays", puis de "province", puis de "ville", etc...
Bonjour, humain/Canadien/Québécois/Montréalais/Ébion :joueur:
 

Hibou57

Comme-même (tm)
VIB
La famille taxonomique d’une plante, n’est pas statique.

Je venais d’identifier une véronique petit chêne, et lisais sa fiche, quand j’ai noté que deux familles sont indiquées, la famille classique (classification taxonomique) et la famille phylogénétique : Véronique petit-chêne — Veronica chamaedrys L. (snv.jussieu.fr)

La fiche à dit:
famille des Scrofulariaceae dans la classification classique ( Plantaginaceae dans la classification phylogénétique ).

En cherchant une description de la famille des scrofulaires, j’ai trouvé cette page, précisant que cette famille a été réduite, certaines plantes en faisant précédemment partie, ayant été déplacées dans d’autres familles : Famille de la scrofulaire, Scrophulariaceae (luontoportti.com).

La page à dit:
La famille de la scrofulaire, autrefois beaucoup plus étendue, compte aujourd’hui seulement 87 genres et environ 1 000 espèces. En Finlande, on compte 2 genres et 7 espèces. La famille de la scrofulaire a été réduite pour atteindre sa taille actuelle après le déplacement de beaucoup de ses membres dans les familles de l’orobanche (Orobanchaceae) et du plantain (Plantaginaceae), ainsi qu’un petit nombre dans la famille des phrymacées (Phrymaceae).

Bien possible que les familles phylogénétiques sont plus stables ou même totalement stables.

En marge, la première page parle de famille phylogénétique, alors que je pensais qu’on parle de famille phylogénique. Il faudrait voir s’il y a une différence entre les deux.
 

Hibou57

Comme-même (tm)
VIB
Au cas où ça intéresse des gens, une fiche résumant les critères d’identification des principales familles botaniques en france (mais pas que en fait), tirée de la page Synopsis des principales familles botaniques (botablog2.unblog.fr). Je vais l’imprimer aussi.
 

Pièces jointes

  • identification-principales-familles-botaniques.jpg
    identification-principales-familles-botaniques.jpg
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mam80

la rose et le réséda
Modérateur
ce qui m'intéresse, c'est plutôt la complicité entre les espèces :
j'ai lu que les arbres se parlent
on dit que dans les forêts, rien n'est le fait du hasard
chaque chose est bien à sa place
et ça me fascine
si vous avez des infos......merci

mam
 

Hibou57

Comme-même (tm)
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ce qui m'intéresse, c'est plutôt la complicité entre les espèces :
j'ai lu que les arbres se parlent
on dit que dans les forêts, rien n'est le fait du hasard
chaque chose est bien à sa place
et ça me fascine
si vous avez des infos......merci

mam
Les plantes communiquent avec des odeurs, surtout quand elles sont agressées. Un exemple, c’est l’odeur du gazon coupé, qui est en fait un signal aux autres herbes de la même espèce. Des arbres avertissent d’autres arbres aussi comme ça, quand des herbivores les broutent trop.

Il y a aussi des symbioses entre certaines plantes, elles se soutiennent mutuellement, mais ce n’est plus de la communication. Un exemple, c’est le lichen qui est fait d’algues et de champignons, ou les fougères et les arbres qui s’assistent mutuellement.
 

Ebion

Ça a l'air que je suis l'esclave da partida
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ce qui m'intéresse, c'est plutôt la complicité entre les espèces :
j'ai lu que les arbres se parlent
on dit que dans les forêts, rien n'est le fait du hasard
chaque chose est bien à sa place
et ça me fascine
si vous avez des infos......merci

mam


Tu aimerais lire Jean-Marie Pelt je crois (il est mort il y a peu). :)
 

Hibou57

Comme-même (tm)
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La classification phylogénétique la plus utilisée d’après les quelques références que j’ai vu à quelques endroits, s’appel APG Ⅲ. Cette classification date de 2009 et une mise à jour été faite en 2016, APG Ⅳ.

La classification taxonomique classique, est précisément celle de Linnaean.

Je ne sais pas comment, mais il se dit que la classification phylogénétique APG Ⅲ a été conçue de manière à pouvoir coller à la taxonomie classique de Linnaean.
 

Hibou57

Comme-même (tm)
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La classification phylogénétique la plus utilisée d’après les quelques références que j’ai vu à quelques endroits, s’appel APG Ⅲ. […]
Oops, j’ai oublié de dire une chose : ça n’est que pour les plantes à fleurs (même si les fleurs sont minuscules ou ne ressemblent pas à ce qu’on attend d’une fleur décorative), les angiospermes, puis par la suite elle été étendue pour couvrir toutes les plantes terrestres. La classification classique, couvrait tout l’arbre du vivant. Mais il doit exister des classifications phylogénétiques pour le reste de l’arbre du vivant quand‑même.
 

Hibou57

Comme-même (tm)
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Les plantes en famille (afie.net) [PDF]
Le document à dit:
Toutefois, il est rare qu’aucun critère morphologique ne corrobore les conclusions de la génétique : c’est pourquoi sur le terrain il est toujours possible de reconnaître les familles en observant les plantes.
Ça répond à la question de savoir s’il y a des différences entre la classification phylogénétique et la classification morphologique, qui est la classification classique. En plus, je crois avoir compris que la classification classique est mise à jour en fonction des découvertes phylogénétiques, qu’elle n’est pas figée dans le passé, ce que suggère implicitement aussi ce document (pas loin avant le passage cité).
 

Hibou57

Comme-même (tm)
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Une illustration de la différence importante qu’il peut y avoir entre la classification classique et la classification phylogénétique (image jointe). À gauche, la classification classique, à droite, la classification phylogénétique.
 

Pièces jointes

  • classique-vs-phylogenetique.png
    classique-vs-phylogenetique.png
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Hibou57

Comme-même (tm)
VIB
Un livre qui a l’air bien, sur la question : « Comprendre et enseigner la classification du vivant », 28 € environ.

Il y en a aussi un autre, mais nettement plus long et plus cher : « Classification phylogénétique du vivant », en un seul tome pour la première édition et en deux tomes pour la quatrième édition, 43 € chaque tome.

Le deuxième, ça doit être pour les gens très versés dans la question, je crois que le premier est plus abordable, pas seulement pour son prix.
 

Hibou57

Comme-même (tm)
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