Analyse du Professeur Jacques Fantini:
Mon analyse moléculaire du nouveau variant Omicron · Ce nouveau variant apparu en Afrique australe défraye la chronique, du fait du très grand nombre de mutations dans sa protéine Spike : 30 mutations, 3 délétions et 1 insertion (en rouge dans la structure modélisée complète visible ici). · Afin d’en savoir plus sur sa contagiosité j’ai appliqué à ce variant l’analyse du T-index (index de transmissibilité) qui m’avait permis, dès l’apparition du variant Delta en avril dernier, d’anticiper son expansion au niveau mondial ( voir ici :
https://lnkd.in/dnSDgQv ). · Cet index prend en compte l’interaction du domaine NTD avec les rafts de la cellule hôte, l’interaction du domaine RBD avec le récepteur ACE-2, et le potentiel électrostatique de surface qui révèle la vitesse d’attraction du virus à la cellule cible. · La prédominance du variant Delta s’explique, au niveau du virus, par sa valeur très élevée de son T-index : 10,67. Par comparaison, le T-index de la souche initiale (Wuhan) a un T-index de 2,16. On peut donc extrapoler que le variant Delta est environ 5 fois plus transmissible que la souche de départ. · Le calcul effectué pour le variant Omicron donne un T-index = 3,90. Il est donc a priori moins transmissible que Delta, qui reste à ce jour le variant possédant le T-index le plus élevé. · Une analyse détaillée de la protéine Spike du variant Omicron suggère que cette avalanche de mutations n’obéit à aucune logique de sélection, mais plutôt à une absence de contrôle immunologique (patient immunodéprimé ?) et/ou à des traitements antiviraux pouvant favoriser l’apparition de mutations. · L’affinité du RBD d’Omicron pour ACE-2 est diminuée par rapport à tous les autres variants analysés à ce jour, sans doute la conséquence de cette accumulation de mutations dans le RBD (>10 !) · Le succès de Delta tient à l'évolution concomitante du NTD et du RBD avec seulement 2 mutations dans chaque domaine. Pour Omicron, les mutations vont dans tous les sens, sans logique particulière, certaines s’annihilent mutuellement. · Les profils mutationnels du NTD et du RBD suggèrent que les anticorps neutralisants auront une activité très faible sur ce variant. · En revanche, l’épitope facilitant du NTD (épitope ADE) est également détruit par les réarrangements de la protéine Spike d’Omicron, ce qui souligne encore l’absence de logique dans ce profil mutationnel exacerbé.
· Conclusion : cette analyse du variant Omicron laisse penser que ce variant ne supplantera pas le Delta. · N’oublions pas l'importance des interactions virus-hôte. Le polymorphisme du récepteur ACE-2 pourrait par exemple permettre des percées régionales du variant Omicron (ce fut le cas avec le variant B.1.351, qui s'est répandu en Afrique australe, mais pas en Europe). · Dans tous les cas, les gestes barrière restent incontournables pour tous.
