Enseignant théologien à l'éloquence flamboyante, il préfère renoncer publiquement, après deux années d'enseignement à la Quaraouiyine, à son poste de professeur plutôt que de se soumettre aux injonctions de l'occupant colonial. Revenu à Fès en 1934, il fonde avec Mohamed Hassan El Ouazzani et Ahmed Balafrej, le Comité d'Action Marocain (C.A.M.) premier mouvement national regroupant toutes les cellules de jeunes activistes des villes.
Il participe au sein du comité d'Action marocain à la rédaction et la diffusion du plan de réforme, plate forme de revendications reformistes qui sera proposé à Paris sans succès. Au CAM succède en 1937 le Parti National.
L'agitation nationale grandissante,le régime colonial décapite le mouvement nationaliste naissant. Allal El Fassi et ses coreligionnaires sont violemment arrêtés, emprisonnés. Il est banni du Maroc et éxilé dans un village perdu du Gabon. Pendant neuf ans, sans courrier, sans lecture, à l'isolement complet, au point de n'apprendre le début de la guerre que deux ans après, il refuse néanmoins toute modeste tentative de négociation des autorités coloniales.
De retour au Maroc, il devient l'un des dirigeants de l'Istiqlal crée en décembre 1943, mais doit s’exiler de nouveau, peu après, pour dix ans. Il noue des contacts avec des représentants de pays de la Ligue arabe et s'installe au Caire en 1947, ville où il milite aux côtés d'Abdelkrim El Khattabi pour former le Comité de libération du Maghreb. Profondément légaliste, fidèle aux principes monarchiques, et fervent partisan, sinon initiateur de l'idée du Grand Maroc allant de Saint-Louis du Sénégal à Oujda et incluant Tindouf en Algérie, il désapprouva le traité d'Indépendance du Maroc selon ses frontières de 1956. Il était très proche du roi Mohammed V, qu'il a utilisé comme symbole d'unité nationale.