Le but du film est de montrer en deux heures environ uniquement la phase finale d'un drame qui porte le nom, comme le titre du film l'indique, des "derniers jours de Swissair". Mais le drame commence en fait bien plus tôt, à savoir déjà lors des votations relatives à l'EEE de 1992, lorsque le peuple suisse avait refusé l'entrée de la Suisse à l'Espace économique européen. Le chef de Swissair, Otto Loepfe, savait qu'une compagnie aérienne isolée au milieu de l'Europe serait menacée de crash. Et seule une alliance avec d'autres compagnies se trouvant dans une situation similaire pourrait venir à la rescousse de Swissair.
Un mois seulement après le verdict du peuple suisse, les responsables de Swissair, Austrian Airlines, SAS et KLM se mettent à ébaucher une vision audacieuse appelée "Alcazar". Une alliance des petits contre les gros de la branche. Ensemble, ils peuvent devancer la majorité des concurrents européens.
A peine les plans ayant été rendus publiques, le fondateur de Crossair, Moritz Suter, dépose quant à lui auprès du Conseil fédéral un concept parallèle portant le nom de "Phoenix", projet qui prévoit la reprise effective de Swissair par la compagnie plus avantageuse Crossair. L'alliance européenne d'Otto Loepfe se trouve alors en concurrence avec le concept de navigation aérienne national de Moritz Suter. Au final, les nombreux opposants au projet Alcazar l'emportent. Conséquence : encore avant la fin de l'année, les négociations relatives à Alcazar sont interrompues.
Le 4 mai 1994, les délégués du conseil d'administration de Swissair décident, sur la base des recommandations de la société de conseil McKinsey, d'entrer chez Sabena et de procéder à une acquisition agressive d'autres compagnies d'aviation européennes. Et c'est ainsi que l'isolement dans lequel se trouve la compagnie nationale depuis le refus de l'EEE peut être rompu. Si Swissair arrive à atteindre une part de marché de vingt pourcent en Europe, elle pourrait alors s'assurer la coopération de Delta en tant que partenaire à long terme. Et Swissair a besoin d'un allié d'importance pour pouvoir continuer à opérer sur le niveau mondial.
En nommant Lukas Mühlemann, ancien chef de McKinsey et entre-temps chef du Credit Suisse, le 11 mai 1995 dans l'assemblée des délégués du conseil d'administration de Swissair, le document de base élaboré par McKinsey prendra alors le statut de doctrine au sein de la société. Et le comité de décider que celle-ci doit être mise en uvre par une personne "fraîche" : en 1997, Philippe Bruggisser devient le nouveau chef de Swissair.
19 janvier 1998: Philippe Bruggisser, le nouveau venu, présente la stratégie du futur répondant au nom grec de "Hunter". Il s'agit ici du même raisonnement qui avait déjà été proposé en tant que justification lors de l'engagement de Swissair chez Sabena. Bruggisser se met alors à jouer au grand seigneur, achetant toutes les compagnies qui se présentent à lui : au sein de la direction, personne ne lui tient tête; quant au conseil d'administration, celui-ci lui fait une confiance totale.
Mais tous ces efforts restent vains. A aucun moment, Delta n'est convaincue par la stratégie "Hunter". Le 13 octobre 1999 déjà, Delta résilie le partenariat la liant à Swissair. Et ceci marque le tournant décisif. Désespéré, Bruggisser tente de sceller de nouvelles alliances, il négocie avec la compagnie hongroise Malev, avec Alitalia. Pendant ce temps, il se trouve à court d'argent. Au cours de ses emplettes, il a investi des sommes atteignant les milliards de francs pour des participations dans des compagnies étrangères, sommes qu'il a puisées dans le trésor de guerre de Swissair. Et pour couronner le tout, lorsqu'en 2000 le prix de l'essence flambe et le nombre des passagers baisse, les trous occasionnés par les pertes se mettent à poindre dans tous les coins de l'empire Bruggisser. En été encore, après avoir pronostiqué un gain, et ce contre sa conviction intime, la compagnie enregistre à la fin de la même année une perte record de 2,9 milliards de francs. Le conseil d'administration prend alors peur : le 23 janvier 2001, au cours d'une action incontrôlée, il remercie Philippe Bruggisser, celui dont il avait fait une telle éloge quelques temps auparavant.
Le film résume ces antécédents sur la base de matériel d'archive (télévisé) et sous la forme d'une introduction de sept minutes.
Le 24 janvier 2001, le fondateur de Crossair, Moritz Suter, reprend les rênes de la compagnie d'aviation devenue entre-temps orpheline après le départ de Philippe Bruggisser. Il tente alors de mettre en uvre "Phoenix", le document qu'il avait dressé huit ans auparavant et qui prévoit une reprise progressive de Swissair par Crossair. Mais la tentative est vouée à l'échec : lorsque Moritz Suter veut intégrer au sein de Crossair les avions de Balair pilotés par des pilotes Swissair, le conflit éclate au grand jour.
Après 44 jours, le 7 mars 2001, le Bâlois, épuisé, finit par jeter l'éponge. Après une apparition tout aussi courte, Eric Honegger, le président du conseil d'administration, prend également congé. S'ensuit alors l'appel à l'aide à l'adresse de Mario Corti, l'ancien directeur financier de Nestlé. Nouveau venu au sein du conseil d'administration de Swissair, et ainsi vierge de toute querelle régnant depuis des années au sein de la compagnie, il se bat un semestre durant pour la survie de la société. Le 11 septembre sonnera le glas définitif de Swissair, une débâcle de laquelle seul un effort collectif et herculéen aurait pu l'en sortir. Mais là, les personnes se trouvant à la tête de l'économie et la politique se révèlent être incapables. Le film décrit les événements des six mois précédant le 9/11 sous la forme d'un long métrage qui se focalise en premier lieu sur l'essentiel et ensuite, à partir de cette date et jusqu'aux environs du 2 octobre, sur les détails.
Au final, il récapitule l'épisode de SWISS sous la forme de flashs.