Ce que tu fais ici est ce qu'on appelle le "Dieu des trous" (God of the gaps en anglais, ça sonne mieux je trouve). En gros, c'est placer Dieu dans les "trous" de nos connaissances. Personnellement, je ne préfère pas le placer à cet endroit, le "placard" est de plus en plus petit.
Par contre, pour expliquer cette "perfection" apparente, il faut simplement se dire ceci : l'animal qui survit est, sauf exception, parfaitement adapté à son environnement. Sinon, il serait mort. Et puisque tu ne peux pas voir les morts, tu ne peux donc pas voir les imperfections laissées de coté.
Et pourtant, les espèces qui ont disparues sont bien plus nombreuses que les espèces qui nous restent aujourd'hui. Ou même il y a 10 000 ou 40 000 ans.
Ceci dit, certains scientifiques font parfois l'erreur aussi. On en avait interrogé quand on pensait avoir trouvé des traces d'organismes, notamment des vers, dans des roches martiennes. Et un biologiste s'était exclamé "c'est impossible". Il se trouve qu'il avait raison au final, mais pas pour la bonne raison.
Quand un astrophysicien lui a demandé pourquoi, il a répondu : "Parce qu'il n'existe aucun ver d'aussi petite taille sur terre, c'est biologiquement impossible". Ce à quoi l'astrophysicien lui a demandé "Mais pourquoi voudriez-vous trouvez quelque chose de similaire à la Terre quand vous n'êtes pas sur la Terre ?".
En gros, si une vie sur Mars existait, elle serait parfaite aussi... pour Mars. Mais mourrait en 3 secondes sur Terre.